GESTIÓN GENÉTICA Y DEMOGRÁFICA DEL PROGRAMA DE CRÍA
La gestión genética y demográfica de la población cautiva de lince ibérico tiene como finalidad abordar los siguientes cometidos:
1. Maximizar la representación genética
de la especie en la población cautiva. Este cometido requiere
una adecuada selección de individuos fundadores para que quede
representada la máxima proporción de la diversidad natural.
Se habrá de definir la contribución óptima de cada
población silvestre a la población cautiva, una vez se describa
con precisión la variación genética natural. El genotipado
de los individuos fundadores permitiría, en conjunción con
buenas estimas de frecuencias alélicas poblacionales, el cálculo
de índices de parentesco entre todos los pares de fundadores, lo
que permitirá corregir consecuentemente las contribuciones individuales
a la diversidad global. La incorporación de material genético
al Programa podrá venir también a través del material
reproductivo eventualmente disponible en el BRB. 
2. Evitar pérdidas de eficacia en la población cautiva. El deterioro genético en poblaciones cautivas, debido a depresión endogámica, acumulación de mutaciones deletéreas y la adaptación a la cautividad, es un factor a minimizar cuando el objetivo final es la reintroducción al medio natural. Aunque estos efectos son en parte aliviados por las estrategias de manejo genético, será aconsejable monitorizar en todo momento la eficacia biológica de los individuos cautivos para detectar tempranamente estos problemas y aplicar cambios adaptativos en la estrategia general.
3. Minimizar las pérdidas de diversidad genética en la población cautiva. . Se habrá de definir unos objetivos de retención de la diversidad inicial en un periodo de tiempo y elegir una estrategia de manejo genético para conseguir el objetivo fijado. El genotipado de los fundadores podrá enriquecer esta estrategia al proporcionar estimas de parentesco entre los fundadores, eliminando la asunción tradicional de fundadores no relacionados.
Las metas principales del Programa de Cría consisten en asegurar la conservación del material genético de la especie y crear, a medio y largo plazo, nuevas poblaciones de lince ibérico mediante programas de reintroducción. Esto implica el mantenimiento de 60 reproductores en cautividad, cuyos cruces se seleccionarán de modo óptimo para evitar la endogamia, así como la preparación de animales para su reintroducción a partir del año 2010.