Desde el punto de vista genético lo ideal sería mantener el 90% de la variabilidad genética actual de la especie durante un periodo de 100 años, esto requeriría la extracción de 12 animales fundadores por año durante un periodo de 5 años, algo inalcanzable en el caso del lince ibérico debido al estado critico en el que se encuentra la población silvestre. Con las recomendaciones del Grupo Especialista de Cría para la Conservación de la IUCN y la colaboración de los responsables de la conservación del lince ibérico en el medio natural (Lacy & Vargas, 2004) se fijó como meta el establecer las condiciones básicas para conservar un 85% de la variabilidad genética de la población silvestre durante un periodo de 30 años.  Para ello se requiere contar con una población cautiva de 60 ejemplares reproductores (30 machos y 30 hembras). Para establecer esta población se acordó la incorporación al programa de 4 fundadores por año (mayoritariamente cachorros o juveniles) durante 5 años así como un fundador  cada dos años (procedente de los animales que ingresen en los centros de recuperación de fauna) durante toda la duración del programa.

La gestión genética y demográfica de la población cautiva de lince ibérico tiene como finalidad abordar los siguientes cometidos:

1. Maximizar la representación genética de la especie en la población cautiva. Este cometido requiere una adecuada selección de individuos fundadores para que quede representada la máxima proporción de la diversidad natural. El genotipado de los individuos fundadores permitiría, en conjunción con buenas estimas de frecuencias alélicas poblacionales, el cálculo de índices de parentesco entre todos los pares de fundadores, lo que permitirá corregir consecuentemente las contribuciones individuales a la diversidad global.

2. Evitar pérdidas de eficacia en la población cautiva. El deterioro genético en poblaciones cautivas, debido a depresión endogámica, acumulación de mutaciones deletéreas y la adaptación a la cautividad, es un factor a minimizar cuando el objetivo final es la reintroducción al medio natural. Aunque estos efectos son en parte aliviados por las estrategias de manejo genético, será aconsejable monitorizar en todo momento la eficacia biológica de los individuos cautivos para detectar tempranamente estos problemas y aplicar cambios adaptativos en la estrategia general.

3. Minimizar las pérdidas de diversidad genética en la población cautiva. Se habrá de definir unos objetivos de retención de la diversidad inicial en un periodo de tiempo y  elegir una estrategia de manejo genético para conseguir el objetivo fijado. El genotipado de los fundadores podrá enriquecer esta estrategia al proporcionar estimas de parentesco entre los fundadores, eliminando la asunción tradicional de fundadores no relacionados.